Die Midi-Dateien stammen sowieso von anderen Seiten.
Diese wurden von Fans, meist unter zuhilfenahme von aus den Spieldateien gerippten Midi-dateien erstellt.
http://www.vgmusic.com/music/console/nin...ex-gr.html
Dort findest du auch einige davon und noch ein paar andere.
Auf der Seite finden sich allerdings nur selbst erstellte, also eher Arrangements bzw. Remixes. Die klingen zum Teil sehr verschieden von den Originalen.
Ist also nicht so, das irgendwer hier das Urheberrecht dafür hätte, den du Fragen musst.
Ob das verbreiten von Midi-Versionen von Musik generell eine Urheberrechtsverletzung darstellt, ist zwar nicht geklärt, allerdings hat eben das Urheberrecht auch irgendwo Grenzen, die sonst in die Lächerlichkeit führen würden.
Niemand kommt auf die Idee, für das Pfeifen von Musik Geld an die GEMA abdrücken zu müssen.
Verwende die Dateien einfach und führe in den Credits deines Spiels eine Rubrik "Musik", wo du eben die Spielenamen aufführst, aus dem die Originale stammen.